Alors qu’il se trouve en zone de subduction, le volcan Masaya a la particularité d’avoir une morphologie de volcan-bouclier. Ceci s’explique par la fréquence élevée d’éruptions basaltiques à caractère effusif. Le Masaya est en fait constitué d’une caldera de 6 Km sur 11, qui abrite en son sein plus d’une douzaine de cônes construits le long d’un système de fractures circulaires. Les 3 principaux sont le Masaya, le Nindiri et le Santiago, l’actuel cône actif. Son activité éruptive insolite pour une zone de convergence (coulées de lave fluides, fontaines de lave, lac de lave de 1965 à 1979, en 1989 et en 2000) fait du Masaya un volcan atypique d’autant plus qu’il lui arrive aussi de produire des événements explosifs très intenses. Accompagnés de colonnes pliniennes et de nuées ardentes, ces épisodes paroxysmaux peuvent prendre une ampleur considérable, comme ce fut le cas en 4500 avant J.C. Mais depuis sa découverte par les conquistadors espagnols le Masaya est resté relativement calme. Ces derniers ont d’ailleurs tenté à plusieurs reprises de descendre dans le cratère qui contenait un lac de lave, pensant qu’il s’agissait d’or en fusion !