L'île de Pagan appartient à l'arc volcanique de la zone de subduction des Mariannes, séparant la plaque Pacifique plongeante de la plaque Philippine. Située au Nord des îles Mariannes, à environ 320km de Saïpan, Pagan est l'une des plus grandes et des plus actives de l'arc insulaire. L'île est constituée de deux stratovolcans, Pagan Nord et Pagan Sud, séparés par un petit isthme. Le Pagan Nord, le plus actif, est situé dans une caldera de 7km de diamètre alors que le Pagan Sud s'est édifié dans une caldera de 4km de diamètre. Le Mont Pagan stricto sensu est situé à la terminaison Nord-Est de l'île, dans la caldera Nord probablement formée il y a moins de 1000 ans. La très grande majorité des éruptions historiques connues(remontant au XVIIème siècle) ont eu lieu sur le Pagan Nord; la plus importante ayant eu lieu en 1981, nécessitant l'évacuation de la population. Le Pagan Sud, quant à lui, culmine à 548 mètres d'altitude et possède un sommet allongé constitué de quatre cratères distincts.